La storia della razza inizia negli anni '50 nella ex-Repubblica Cecoslovacca.

Il protocollo degli accoppiamenti tra i Lupi e i Pastori tedeschi fu studiato e preparato nel 1955 dall'ing. Karel Hartl, colonnello della sezione Guardia di Confine dell' Armata Cecoslovacca. La prima cucciolata storica vide la luce il 26 Maggio 1958 nell'allevamento militare Libejovice. L' idea di una nuova razza nasce solo nel 1964, con la pubblicazione dei risultati degli accoppiamenti e con la stesura del programma per il futuro allevamento.

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Il primo standard è stato elaborato nel 1966 dall'ing. Karel Hartl. Nello stesso anno c'erano già quattro generazioni di ibridi della prima linea di sangue della Lupa Brita e del Pastore tedesco Cesar z Brezoveho Haje. Della seconda linea di sangue della stessa Lupa Brita e del Pastore tedesco Kurt z Vaclavky esistevano due generazioni. Nello stesso anno è stata richiesta l'iscrizione delle cucciolate nei libri genealogici ma fu categoricamente rifiutata dal CSSCHDZ. Nel 1968 nell'allevamento Bychory della Polizia di Stato (SNB), fu creata la terza linea di sangue dal Lupo Argo e dalla femmina di Pastore tedesco Asta SNB. I discendenti provenienti dagli accoppiamenti fra queste tre linee venivano iscritti nei registri militari sotto il nome Cane Lupo Ceco. In questo periodo fu utilizzato il Lupo Sarik con le due femmine Xela e Urta z Pohranicni Straze, entrambe già iscritte come Cane Lupo Ceco, per arricchire con nuovo sangue di lupo le linee esistenti.

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Finalmente, nel 1982, arrivano le prime soddisfazioni dal mondo cinofilo ufficiale: si iscrivono per la prima volta nei libri genealogici le prime cucciolate sotto il nome di "Cane Lupo Cecoslovacco" e nello stesso anno viene fondato anche il Club ufficiale di razza. Purtroppo la Slovacchia ignorò completamente il protocollo dell'allevamento elaborato dal Colonnello Hartl (mantenere più possibile la variabilità genetica) producendo solamente nell'82-83 il 77% delle cucciolate di un solo stallone: Rep z Pohranicni Straze. Questa tendenza continuò per altri cinque anni e si arrivò a una situazione di consanguineità esasperata poiché Il 90% dei soggetti erano consanguinei e l'83% addirittura strettamente consanguinei. Mantenere la variabilità genetica era diventata una cosa impossibile e quindi era inevitabile decidere di introdurre nuovo sangue di Lupo. Per poter abbassare il codice Wright, si operò un accoppiamento mirato tra la Lupa Lejdy e il Pastore tedesco Bojar von Schotterhof: da questo accoppiamento fu scelto Kazan z Pohranicni Straze.Nei venticinque anni della selezione della nuova razza hanno preso parte 4 Lupi: Brita, Argo, Sarik e Lejdy.Sia in Bohemia che in Moravia il numero delle cucciolate era minore che in Slovacchia, ma la consanguineità era più bassa e la variabilità genetica più alta, e queste furono le carte vincenti per il futuro riconoscimento da parte della FCI. 

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Il 13 Giugno 1989 a Helsinki è stato approvato il primo standard (n°332) e la razza è stata riconosciuta definitivamente dalla FCI, il 1° Giugno 1999, in Messico.